蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用理論預(yù)測(cè)和藥物設(shè)計(jì)新計(jì)算方法研究獲進(jìn)展

《美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院刊》（PNAS）在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所蔣華良課題組和美國(guó)萊斯大學(xué)（Rice University）José N. Onuchic 課題組合作的論文Elucidating the druggable interface of protein-protein interactions using fragment docking ａnd coevolutionary analysis。

該項(xiàng)研究成果在可藥性蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）界面預(yù)測(cè)與識(shí)別計(jì)算方法發(fā)展方面取得新進(jìn)展。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用在細(xì)胞命運(yùn)決定、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等重要生命過(guò)程中起重要作用，也是疾病發(fā)生和發(fā)展的重要環(huán)節(jié)。因此，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用界面已經(jīng)成為新藥發(fā)現(xiàn)的重要靶標(biāo)。然而，蛋白質(zhì)界面具有作用面積大、相對(duì)平坦等特點(diǎn)，不利于藥物分子、特別是小分子藥物結(jié)合，使得基于蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)界面的藥物設(shè)計(jì)面臨嚴(yán)峻挑戰(zhàn)。因此，發(fā)展蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)界面預(yù)測(cè)理論計(jì)算方法及其相應(yīng)的藥物設(shè)計(jì)方法，用于細(xì)胞信號(hào)通路研究和靶向蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)界面的合理藥物設(shè)計(jì)，是一項(xiàng)十分緊迫并意義重大的研究課題。

基于這樣的需求，蔣華良課題組和Onuchic 課題組合作，綜合應(yīng)用分子對(duì)接和PPI共進(jìn)化分析方法，發(fā)展了能預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用界面的預(yù)測(cè)方法，該方法以一系列有機(jī)小分子碎片與氨基酸殘基作為探針?lè)肿�，搜索蛋白質(zhì)表面探針?lè)肿涌删o密結(jié)合的熱點(diǎn)殘基區(qū)域（hot spot），并以此勾勒出蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互結(jié)合的可能位點(diǎn)；進(jìn)而基于蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)作用殘基共進(jìn)化分析方法，通過(guò)評(píng)價(jià)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互結(jié)合位點(diǎn)間偶合強(qiáng)度，確定蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)的準(zhǔn)確結(jié)合點(diǎn)。該方法在預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用界面的同時(shí)，還能預(yù)測(cè)結(jié)合位點(diǎn)可藥性區(qū)域（藥物可能結(jié)合的區(qū)域），并提供了探針?lè)肿釉诳伤幮詤^(qū)域的多樣性結(jié)合模式，為基于片段的藥物設(shè)計(jì)提供了直接線索。齊一生物為您掌握生物技術(shù)最新動(dòng)態(tài)