中科院昆明動(dòng)物研究所研究員馬占山與美國馬里蘭大學(xué)葉承曦博士在基因測(cè)序領(lǐng)域的合作再次取得重要突破。合作團(tuán)隊(duì)近日正式發(fā)布了一款代號(hào)為 Sparc 的軟件。

針對(duì)第三代基因測(cè)序儀硬件錯(cuò)誤率高達(dá)15%~40%的問題，該團(tuán)隊(duì)研發(fā)出了一套“線性復(fù)雜度”（復(fù)雜性最低）的算法，Sparc軟件即基于該新算法完成。綜合測(cè)試顯示：采用測(cè)序深度僅為30x的三代基因測(cè)序數(shù)據(jù)，Sparc取得組裝共識(shí)（Consensus）時(shí)錯(cuò)誤率低于0.5%；同時(shí)與目前最優(yōu)秀的同類軟件相比，Sparc可節(jié)省計(jì)算時(shí)間和內(nèi)存達(dá)80%。這一重要突破為推進(jìn)基因測(cè)序技術(shù)邁向三代技術(shù)的產(chǎn)業(yè)升級(jí)提供了又一關(guān)鍵軟件技術(shù)。

Sparc 研發(fā)獲得了中科院、遺傳資源與進(jìn)化國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家自然科學(xué)基金以及云南省高端科技人才、海外高層次人才、云嶺產(chǎn)業(yè)領(lǐng)軍人才以及創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)等項(xiàng)目的支持。由于該研究屬于計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)和生物學(xué)的交叉領(lǐng)域，因此創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)成員間的跨界合作自然起到了關(guān)鍵作用。